Vamos por partes... Fiquei um tempo sem entrar mais vamos lá!
Muito provavelmente seja um socolofi sim... A cor demora bastante para aparecer! Conforme ele for crescendo, se prepara pois terá baixas no aquário... O bico adora matar os outros!
O peixe se estressa pelo simples fato de nem no distribuidor e nem nas lojas eles ficarem em um aquário ESPECÍFICO para eles... Isso sem contar com pessoas "sem noção" que batem no vidro afim de "animar o bichinho"!
Com uma alimentação de boa qualidade, um ambiente tranquilo(sem apanhar muito) ele tende a recuperar a cor gradativamente... Não existe um tempo especifico para isso, mas ele recupera sim!
Tenho uma aulonocara que está a 3 meses em meu aquário e só agora está abrindo a cor... Em compensação tenho peixes que em 3 dias estavam todos cheios de cor!
Vai com calma que tudo se estabiliza... certifique-se de que seu Ph esteja estável que as cores irão explodir!
Com relação a sump ter tampa... para que querer por tampa? Não vejo nenhuma utilidade em por tampa no sump além de dificultar a manutenção... A única coisa que irá atrapalhar além da manutenção é a troca de temperatura.