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Eu tenho uma muda de Goniastrea super green.

a mais iu menos 2 semanas a area onde as bocas se encontram parecem começar a ficar marron.

pensei que era alga e tentei tirar, voltou. achei que era brown jelly mas a duas semanas, e progressão muito lenta não parece ser além disso a geleia parasse ser bem rente tanto que nao conseguir tirar nada com a pipeta.

vi alguma fotos e notei que algumas especies são assim naturalmente.

será que ele com o crescimento ela vai ficando assim?

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alguma ideia ?

Se o tecido permanece integro, com aspecto normal, inchadinho, pode ser apenas crescimento de zooxantelas no coral em resposta a sua iluminação. Ficar marrom é normal , principalmente em aquários com menor incidência luminosa, assim as algas crescem mais para aproveitar melhor a luz existente. As vezes isso é sinal de hora de trocar as lâmpadas por exemplo.
Outra possibilidade é o maior teor de nutrientes de seu aquário e a mudança das algas também aproveitando-se disso e alterando a cor do coral.