Fabio...
A princípio, se não pelo sistema de tratamento citado pelo nosso colega Marcos Napier(desconheço este método/sistema), a origem da Amônia normalmente é proveniente de decomposição/degradação orgânica.
Pressupõe-se que quando esta água passa por processos de cloração (oxidação do material orgânico) e por filtros de carvão ativo (retenção de orgânicos dissolvidos), a água irá ficar boa para o uso, porém se a concentração for muito grande, saturará o sistema rapidamente deixando passar tais impurezas.
Nunca tive problemas com amônia na água da torneira, mas seria prudente fazer o que nosso colega Roberto Vieira disse... utilize o Prime e deixe a água "batendo" por alguns dias... depois faça as medições.
Nos meus aquários a água sempre foi filtrada com no mínimo a seguinte sequência:
Torneira --> Pré-filtro de Polipropileno 5 microns --> Carvão ativo livre de fosfatos e nitratos --> Resina mista deionizadora. (similar ao sistema do PATWATER)
Veja este link aqui no forum:
http://brasilreef.com/viewtopic.php?f=36&t=239Se pesquisar na internet como "filtros deionizadores DIY", verá uma porção de opções.