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Existe algum problema em deixar o FBM "deitado"?

Se o FBM que você menciona é aquele preto com diversos andares, o uso deitado não muda o fluxo de água ,mas a manutenção pode ser um pouco mais complicada na hora de tirar um modulo para limpar.

Fora o que o Reinaldo disse, e dependendo dos peixes que tiver, pode entrar substrato dentro do filtro.

Abraço